Инкубационный период патологического процесса продолжается от 1,5 до 5 месяцев, но и в случае инфицирования может не быть внешних признаков. Клинические признаки определяются видом бородавок:

• простые или вульгарные. Места локализации – ладони, тыльные стороны кистей, пальцы, редко – лицо, слизистые оболочки. Имеют вид плотных узелков округлой формы, на ощупь пораженные кожные покровы неровные и шероховатые. Чаще всего окраска кожных покровов не меняется, но могут появляться желтые и розовые оттенки. Простые бородавки отличаются множественным характером и склонностью к слиянию. Вариант обыкновенных бородавок – околоногтевые;
• подошвенные. Расположены на подошвах и провоцируют болезненность во время ходьбы. По внешнему виду сходны с простыми бородавками;
• ладонно-подошвенные. Имеют вид плотных образований с утолщенным роговым слоем. Необходимо отличать их от мозолей и потертостей кожи, а также от сифилитической подошвенной папулы. Инфекция может распространяться из-за неудобной обуви и чрезмерной потливости;
• плоские (юношеские). Места локализации – кожные покровы рук и лица, слизистые оболочки (головка пениса, шейка матки, прямая кишка);
• нитевидные. Места локализации на теле – шея, кожные покровы век, подмышечных впадин, молочных желез, паховой области. Имеют вид мягких папул, иногда на ножке, из-за чего часто травмируются. Цвет от телесного до темных оттенков коричневого;
• остроконечные (кондиломы). Имеют дольчатое строение и тестоватую консистенцию. По внешнему виду напоминают гребень петуха или цветную капусту. Цвет телесный или розовый, но при трении остроконечные кондиломы приобретают ярко-красный цвет. При травмировании кровоточат. Отличаются склонностью к формированию конгломератов. Наиболее типичное место локализации – аногенитальная область.